1946年9月5日木曜日、彼は当時イギリスの保護国だったタンザニアにあるザンジバル島の国立病院で生まれた。
本名ファルーク・バルサラとしてこの世に降り立った。
彼の名字のバルサラは、インド南部のグジャラート州バルサードという町に由来するもの。
インド生まれの両親は、ペルシャ系インド人でゾロアスター教徒（パールシー）だった。
植民地政府のオフィスで会計係として働いていた彼の父親が、仕事を続けるために妻とザンジバル島に移ったのだ。
アフリカの東海岸沿いの赤道直下に浮かぶその島は、現在は欧州からのハネムーン客に人気のスポットとして知られる。
何世紀にも渡ってイギリス人、オランダ人、ポルトガル人、中国人、マレー人、アラブ人、ペルシャ人、インド人、エジプト人などから侵略を受けてきた場所でもある。
フレディにとって親戚（従姉妹）にあたるパルヴェーズ・ダルンカナワラは、当時のことを鮮明に憶えているという。

「フレディはちっちゃくて、まるで小さなペットみたいだったわ。まだ小さな赤ん坊だった頃からうちによく来てたの。彼の両親はうちの母親にフレディを預けて出かけていたわ。私は彼よりずっと歳上だから、お守りをするのが楽しみだった。可愛いフレディが大好きだったわ。たくさん泊まっていって欲しいっていつも思っていたわ。」

彼は5歳の頃からザンジバル宣教師学校に通うようになる。
人並み以上に賢かった彼は、幼い頃から絵画、図画、粘土細工などで才能の片鱗を見せていたという。
母親は幼い頃の彼のことをこんな風に語っている。

「少年の頃のフレディは音楽が大好きな子だったわ。フォーク、オペラ、クラシック、何でも好きだったの。小さな頃からパフォーマーになりたかったんだと思うわ。」（母・ジャー）

「早熟な子供だったから、両親が僕には寄宿学校が合っていると親が判断したんだ。7歳の頃、インドの寄宿学校に入れられたんだ。どうやらおかげでいい大人になれたみたいだけどね。」（フレディ・マーキュリー）

「フレディの親は彼をインドの学校に行かせたの。サンジバルでは教育水準があまり高くなかったから。彼をボンベイの親戚に預けて、ちゃんとした教育を受けさせることが両親の考えだったの。」（従姉妹・パルヴェーズ）

1955年2月14日、8歳になった彼はインド西部にあるパンチガニという街のセント・ピーターズ・スクール（英国国教会学校）のクラス3に入学した。
彼はこの学校に10年間在籍し、両親とは毎年1度、1ヶ月の夏休みに会うだけだった。
その間に両親との“心の距離”が生まれてしまったという。
それは、丁寧だが感情のこもらない両親からの手紙にも明らかだった。
泣き言を口にせずに我慢して勉学に励みなさい、と教わっていても…家から遠く離れた少年が、親が恋しくなっても電話をかけることすらできなかった環境は、寂しく心細いものだったという。

「夏休み休暇の時にはいつも帰省してたわけじゃないのよ。兄はボンベイの親戚の家で過ごすこともあったの。そこでおばさんが兄にピアノを教えたの。兄は何でも上手くて羨ましかったわ。」（妹・カシミーラ）

当時、セント・ピーターズ・スクールの音楽の先生が、彼が聖歌隊で歌うのを聴き、その音楽の才能を見出すこととなる。
8歳だった彼はすぐに音楽の特別クラスに入れられた。
ピアノ教師ミセス・オーシアが熱心にクラッシック音楽に導こうと格闘したが…彼は当時心を惹かれ始めていたロックンロールをやりたがった。
12歳を迎えた頃、彼は友人たちと一緒に“Hectics（ヘクティクス）”というバンドを結成する。
彼らは２本のギターと、茶箱に弦を１本張っただけのベース、それに学校の古ぼけたピアノと１台のドラムを持っていて「Yakkety Yak」「Tutti Frutti」「Rock Around the Clock」などを演奏していたという。

「それは酷いバンドで自分たちには才能がなかったけれど、フレディは違った。彼はラジオから流れて来る音楽を１回聞いただけで、その曲をピアノで完璧にプレイできたんだ。」（ブルース・マレイ/当時のバンドリーダー）

50年代後半〜60年代前半にかけて、インドのボンベイには東洋と西洋の文化が混じり合うコスモポリタン的な活気が溢れていたという。
彼は学校で本格的にピアノを学びながら、クラシック音楽、オペラ、現代音楽など、ジャンルを問わず受け入れてゆく。
理論と実践の両方で4級試験に合格し、バンドではキレのあるブギウギピアノを披露し、彼はたちまち町で話題の少年となってゆく。

「僕にとって当時のスターはエルヴィス・プレスリー、そしてクリフ・リチャード、ファッツ・ドミノ、そしてリトル・リチャードだったよ。プレイの手本にして、とにかく彼らを真似て近づこうとしたよ。」（フレディ・マーキュリー）